• Os metabólitos secundários podem ou não estar presentes ou nos vegetais dependendo das variáveis ecológicas. A planta produz estes compostos para sobreviver e adaptar-se ao meio ambiente. Os metabólitos secundários são classificados de acordo com a sua natureza química em: ácidos orgânicos, saponinas, antraquinonas, flavonoides, alcaloides, óleos essenciais entre outros.

Estes compostos são isolados e identificados através dos estudos fitoquímicos. Os compostos isolados podem ser utilizados como marcadores para garantir a qualidade do medicamento fitoterápico ou podem vir a ser um fitofármaco ou ainda servir de modelo para a modificação estrutural. O estudo do perfil fitoquímico de uma planta medicinal inicia com a preparação de um extrato hidroalcoólico, também conhecido como extrato bruto. A preparação do extrato bruto é semelhante à preparação das tinturas preparadas na medicina tradicional. 

Outras vezes, o estudo do perfil fitoquímico de uma planta medicinal pode iniciar-se com a preparação de extratos de polaridades diferentes como, por exemplo, os extratos hexânico. Neste caso, são usados solventes com polaridade crescente, que extraem compostos de grupos químicos diferentes e com atividades biológicas e farmacológicas diferentes. Como exemplo o acetato de etila extrai os flavonoides, que podem apresentar atividade antioxidante e anti-inflamatória.

Após a obtenção dos extratos é realizada a purificação cujo principal objetivo é o isolamento dos compostos ativos.

Para elucidar a estrutura química dos compostos isolados, estes são submetidos a diversos métodos espectrométricos e espectroscópicos. 

Uma vez conhecida a estrutura química, os compostos ativos, podem ser submetidos a modificações estruturais com a finalidade de aumentar a eficácia e a segurança.

Etapas essenciais da fitoquímica.